Правительственная комиссия по повышению устойчивости развития российской экономики утвердила перечень системообразующих организаций, имеющих стратегическое значение. В утвержденный перечень системообразующих организаций вошло 29 компаний транспортной отрасли.
Следует отметить, что включение организации в указанный утвержденный перечень системообразующих организаций не является гарантией финансовой поддержки, поскольку главная задача работы с такими компаниями по мнению Правительства - поддержание их устойчивости. Кроме того, данный перечень не является исчерпывающим и может корректироваться в любой момент соответствующим решением Комиссии. После включения организации в перечень для обеспечения постоянного мониторинга финансово-экономической и социальной ситуации Министерство транспорта должно создать рабочие группы при Комиссии по повышению устойчивого развития экономики с участием представителей Министерства экономического развития, Министерства финансов, Министерства регионального развития, банка-партнера (Сбербанк, ВЭБ, ВТБ, Газпромбанк и другие кредитные организации), администрации соответствующего региона и менеджмента предприятия. По итогам мониторинга рабочая группа будет принимать либо план по оздоровлению компании, либо решение о продолжении мониторинга.

В 2009 году система сбора роялти за пролет над территорией России иностранных авиакомпаний пересматриваться не будет. Переговоры могут быть возобновлены только после вступления России в ВТО.
Впервые вопрос об изменении системы взимания платежей за транссибирские перелеты был поднят еще в 2004 году, когда Еврокомиссия при подписании протокола о завершении двусторонних переговоров по ВТО поставила в качестве одного из условий модернизацию платежей за транссибирские перелеты авиакомпаний стран—членов ЕС. Российские авиационные власти пообещали и провели переговоры с Еврокомиссией, на которых были согласованы общие параметры модернизации платежей, но ни один соответствующий документ Россией не подписала. А в 2007 году ЕС был уведомлен о том, что Россия не будет вести переговоры по модернизации системы сбора платежей иностранных авиакомпаний за транссибирские перелеты до момента присоединения к ВТО. Изменить оставшуюся с советских времен систему сбора компенсационных платежей быстро и одномоментно невозможно, т.к. с вопросом "пролетных" тесно увязан целый ряд важных внутренних и международных политических процессов. Поэтому решение Минэкономразвития о сохранении существующей системы сбора роялти имеет как положительные, так и отрицательные последствия. С одной стороны, если сейчас отнять компенсационные платежи у «Аэрофлота», то Россия может вообще лишиться этих денег, т.к. получателем платежей за транссибирские перелеты авиакомпаний стран—членов ЕС не может быть госорган, поскольку они являются предметом коммерческих соглашений между авиакомпаниями. Разработка же какого-либо иного механизма сбора платежей сопряжена с новыми претензиями со стороны участников авиарынка. С другой стороны, в связи с отсутствием внятного решения по "пролетным" Еврокомиссия фактически заблокировала все важнейшие переговоры с российскими авиавластями, например, о содействии в сертификации самолета SSJ-100, либерализации международного рынка авиаперевозок.

15 декабря 2008 г. Морской совет при правительстве Санкт-Петербурга одобрил программу развития аванпортов Большого порта Санкт-Петербурга.
Уже сейчас динамика роста контейнерного грузооборота Большого порта Санкт-Петербурга почти в два раза ниже роста объемов контейнерных перевозок в целом по России ( 17% против 31%). Нехватка мощностей по обработке грузов и низкая пропускная способность портовой инфраструктуры Санкт-Петербурга также вызвали в 2008 г. увеличение транзита российских грузов через порты сопредельных государств. Единственным реальным решением проблемы развития Большого порта, который уже исчерпал свои территориальные ресурсы, является реконструкция уже имеющихся мощностей и развитие удаленных районов порта (аванпортов) в районе железнодорожной станции Бронка, в Ломоносове и на острове Котлин. Причем последнее направление является самым многообещающим. Принятая на заседании Морского совета концепция развития аванпортов Большого порта предполагает, что на территории в районе железнодорожной станции Бронка, города Ломоносов и Кронштадта будут построены новые терминальные мощности. Пока из заявленных проектов в этих районах был построен только "Моби Дик" в Кронштадте. Но в декабре 2008 г. Правительство Санкт-Петербурга приняло постановление о проектировании и строительстве многофункционального морского перегрузочного комплекса в Бронке, в реализации которого принимают участие ЗАО «Ломоносовский грузовой терминал» (преемник ЗАО «Янтарь»), ХК «Форум» и консорциум «Балтимор».