В соответствии с приказом министром транспорта И.Левитиным «О внесении изменений в приказ Министерства транспорта РФ от 04 февраля 2003 года № 11 «Об утверждении Федеральных авиационных правил «Сертификационные требования к эксплуатантам коммерческой гражданской авиации. Процедуры сертификации», подписанным 13.01.2009 Федеральное агентство воздушного транспорта (Росавиация) получает право контроля за финансовой деятельностью всех авиаперевозчиков.
Государство делает пытку создать единый государственный орган по контролю за авиаперевозками и финансовым положением авиакомпаний, что позволит избежать повторения критических ситуаций, связанных с прекращением деятельности авиакомпаний или перебоев с выполнением ими рейсов, как это происходило летом-осенью 2008 г., когда из-за финансовой несостоятельности прекратил свою деятельность авиаальянс AiRUnion и возникли перебои с выполнением рейсов у авиакомпаний «Интеравиа» и «Дальавиа». Прослеживается тенденция на усиление влияния Росавиации, и, вероятно, единая авиационная администрация, которая будет решать весь объем задач, может быть создана именно на базе этого ведомства. Стремление контролировать финансовую деятельность авиакомпаний связано также и с тем, что декабре прошлого года была утверждена схема выдачи льготных кредитов авиакомпаниям, и в данной ситуации государство в лице Росавиации фактически будет контролировать расходование выделенных средств.

14 января 2009г. ОАО "Аэропорт Внуково", на 100% принадлежащее правительству Москвы, подало в Федеральную антимонопольную службу (ФАС) заявку на приобретение 49% акций авиакомпании "Атлант-Союз".
Напомним, что на первом этапе "Ростехнологии" должны получить 50% плюс одна акция вновь создаваемой авиакомпании, а правительство Москвы — все остальное, но с наполнением компании активами доли партнеров могут измениться. В настоящее время "Ростехнологиям" в соответствии с указом президента переданы госпакеты в авиакомпаниях "Красэйр", "Домодедовские авиалинии", "Самара", "Владивосток-авиа" и "Сахалинские авиатрассы". Самый ценный активом, который "Ростехнологии" могут внести в "Росавиа",— ГТК "Россия", но в авиакомпании даже еще даже не начался процесс акционирования, без которого внести ее активы в "Росавиа" невозможно. К настоящему времени активы правительства Москвы оцениваются дороже, чем активы, которые может вложить в создаваемый авиахолдинг "Ростехнологии".