Серьезные проблемы с пригородными железнодорожными перевозками возникли в 22 регионах России, после того как 26 пригородных компаний изменили механизм работы с регионами. Субъекты не всегда компенсировали убытки ППК за перевозку по тарифу ниже себестоимости (в 2015 году их выпадающие доходы составят 21,7 млрд руб.), и с прошлого года компании начали оказывать услугу только на оплаченный объем. Многие регионы так и не платили: в 2015 году в их бюджетах на электрички заложено только 8 млрд рублей. В итоге с начала 2012 года в Вологодской, Псковской, Тульской областях электрички были полностью ликвидированы. В целом в 2012-2013 годах было отменено 326 поездов, в 2014 году – 568 поездов.
Владимир Путин остался недоволен сложившейся ситуацией с пассажирскими перевозками. Президент на еженедельном совещании с правительством 4 февраля потребовал разрешить проблему, выказав недовольство тем, что ранее никаких мер не было предусмотрено: железнодорожное сообщение является одной из важнейших составляющих нормального функционирования регионов. В частности, рассматривалось снижение до 1% тарифа за пользование путями ОАО РЖД (сейчас пассажирские пригородные компании платят 25%) и дальнейшее снижение НДС для ППК с 10% до 0%. В результате РЖД восстановила часть маршрутов (по 41 направлению в Псковской, Тверской, Челябинской, Московской, Свердловской областях) уже на следующий день после выступления президента. Все маршруты восстановить не удалось, поскольку денег на пригородное сообщение пока не нашли, однако запланировано восстановление 92% поездов (312 поездов). Об остальных маршрутах пока речи не идет. В Белом доме ждут от регионов субсидий перевозчикам, но большинство проблемных субъектов РФ по-прежнему не готовы платить. Для пригородных поездов достаточно 60 миллионов рублей, но ППК требует в 2015 году 300 миллионов рублей, и с этим регион не согласен. Некоторые регионы не смогли установить реальных тарифов, после чего цены на проезд выросли в несколько раз. Однако правительственные источники утверждают, что у регионов и сейчас есть возможность компенсировать затраты ППК: в этом году субъекты получат свыше 20 миллиардов рублей в виде налога на имущество от ОАО РЖД, и эти средства могут быть направлены на поддержку пригородного транспорта. Кроме того, Федеральная служба по тарифам может разработать более прозрачную методику определения размера платежей за аренду подвижного состава.